نظام التأمين الصحي الشامل تقوم على إدارته ثلاث هيئات عامة هي:

• هيئة التأمين الصحي الشامل: وتقوم على إدارة وتمويل شراء الخدمات الصحية المقدمة للمشتركين بالنظام.
• هيئة الرعاية الصحية: هي مستشفيات ووحدات ومراكز مقدمي الخدمة من القطاع العام.
• هيئة الاعتماد والرقابة الصحية: وتهدف الي ضمان جودة الخدمات الصحية وهي الجهة المسئولة عن منح التراخيص للجهات المشتركة في تقديم الخدمة الصحية بالمستشفيات.